工業工程系研究中心是產學研相結合的平臺，通過學術研究、技術轉化、管理咨詢和終身教育，服務于社會。

· 清華大學質量與可靠性研究院（與原國家質檢總局共建）

· 清華大學工業文化研究院（與工信部共建）

· 清華大學智慧物流與供應鏈系統研究中心（與膠州市共建）

· 生產系統與運營管理研究中心

· 復雜系統工程研究中心

· 數據化管理研究中心

· 高端裝備智能制造研究中心

· 高端裝備與關鍵設施健康管理研究中心

· 衛生與醫療服務研究中心

· 復雜系統人因工程研究中心

· 企業信息化研究中心

· 清華大學-北卡羅萊納大學物流與企業發展中心

· 工業工程應用研究中心

· 能源生產仿真與優化研究中心