綜合論文訓練是清華工業工程本科生教育的關鍵組成部分，是訓練學生應用所學知識解決實際問題的能力，培養創新意識和創新能力的綜合環節。綜合論文訓練一般需要12 - 18周，在第四學年結束的時候完成。學生必須通過以下的考核，才能獲得學士學位。

　　工業工程系對于綜合論文訓練的各個環節都予以高度重視，并采取積極措施來保障綜合論文訓練的順利進行和論文質量： 

　　進行充分的準備：第7學期結束后，寒假前即召開畢業設計動員會，為學生指定導師和確定題目。學生可充分利用假期時間進行調研和準備。 

　　執行規范的檢查：開題到答辯的歷次檢查，至少4位老師出席，全體學生必須全程出席。

　　重視教師的投入程度：指導教師每周對學生的工作進展和質量進行檢查，并保證足夠的時間與學生直接見面，針對論文工作進行交流。  

　　重視對科學素養的培養：對論文規范性嚴格要求，培養學生基本的科研素養。